根据中共南京市委办公厅、南京市政府办公厅印发的《南京市建设委员会（中共南京市委城市建设工作委员会）职能配置、内设机构和人员编制规定》的通知（宁委办[2001]83号）中规定，中共南京市委建设工委的主要工作职责为：领导建设系统各单位和党的关系在建设工委的企事业单位党的建设和精神文明建设。负责上述单位党组织和党员管理工作、党风廉政、纪检监察工作，以及统战、知识分子、群团工作和思想政治工作；领导受市委委托管理的中央在宁企业单位党的工作；负责建设系统干部队伍建设的宏观管理；负责委机关干部管理及委直属单位领导班子和领导干部的管理工作；负责委机关和委直属单位的机构编制、人事、劳资和老干部工作。
   据2006年党内统计数字，工委共有基层党组织789个，其中党委37个，党总支部103个，党支部649个，党员11473人。直接联系范围主要分三个层次：
    1、九家建设系统正局级单位党委，即：南京市人防办党委、南京市市政公用局党委、南京市建工局党委、南京市房产管理局党委、南京市园林局党委、南京市市容局党委、南京市环保局党委、中山陵园管理局党委、雨花台烈士陵园管理局党委；
    2、九家驻宁部属企业单位党委，即：中石化二公司党委、中建八局三公司党委、中建八局工业设备安装有限责任公司党委、中铁大桥局二公司党委、中铁大桥局四公司党委、中煤集团南京设计研究院党委、南京水泥工业设计研究院党委、中化第十四建设公司党委、南京矿山工程公司党委；
    3、八家直属基层党组织，其中市属正局级事业单位1家，即：南京红花—机场地区开发建设指挥部机关党支部；规划局下属事业单位2家，即：南京市规划监察大队党支部、南京市城市建设档案馆党支部；建委直属事业单位5家，即：建设工委党校党总支、南京市规划建设展览馆党总支、南京市施工图设计审查管理中心党支部、南京市墙改办党支部、南京市项目储备中心党支部。
    工委目前有四个职能处室，即：工委办公室（与建委办公室合属）、组织人事（老干部）处、宣传教育处（团工委）、纪工委（监察室）。